医院专科优势特色突出。有5个国家区域（中医）专科（急诊、妇科、内分泌、眼科、肛肠科）诊疗中心，6个国家临床重点专科（中医专业），13个国家中医药管理局重点专科。是全国中医眼病医疗中心、全国中医急症医疗中心、国家中医药管理局中医中西医结合急诊临床基地和感染病临床基地、中华医学会心衰中心。作为国家重大疑难疾病中西医临床协作试点项目——糖尿病及并发症治疗的牵头单位，与四川大学华西医院共同开展糖尿病及并发症的中西医补充、协同治疗研究。引进具有国际先进技术的海扶JC200型聚焦超声肿瘤治疗系统，成立了四川省唯一的“海扶联合中医药治疗中心”；并建成具有中医特色的血透中心。

作为成都中医药大学最大的临床医学院，承担本科生、中医学（5+3一体化）、中医学（九年制）、研究生、留学生和住院医师规范化培训等教学工作。拥有3个国家级重点学科，13个国家中医药管理局重点学科，1个国家级实验教学示范中心（中医学），2个国家级特色专业（中医学、中西医临床），2个一级博士授位点（中医学、中西医结合），3个博士后流动站（中医内科学、中医急诊学、中医眼科学），7个博士授位点，20个硕士授位点，培养了全国第一个中医妇科学博士和中医五官科学博士。其中中医学、中西医临床医学入选国家级一流本科专业建设点。2017年通过了教育部组织的本科教学审核评估，同年中医学、中西医结合一级学科在国家第四轮学科评估中取得优异成绩，为中医学进入国家“双一流”打下坚实的基础。在校博士研究生126名，硕士研究生1255名，本科生和长学制学生人数3659名。同时医院还设有一所省属全日制中等中医类职业学校——针灸学校，在校学生10000余人。